（1）增值稅專用發(fā)票進(jìn)項(xiàng)比對
1.非輔導(dǎo)期一般納稅人增值稅專用發(fā)票進(jìn)項(xiàng)比對
用防偽稅控認(rèn)證系統(tǒng)采集或者增值稅發(fā)票勾選確認(rèn)平臺確認(rèn)的專用發(fā)票抵扣聯(lián)（包括機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）注明的進(jìn)項(xiàng)金額、稅額合計(jì)數(shù)與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（表二）》中：第2欄“本期認(rèn)證相符且本期申報(bào)抵扣”中所填列的進(jìn)項(xiàng)金額、稅額合計(jì)數(shù)進(jìn)行比對，二者的邏輯關(guān)系前者應(yīng)大于或者等于后者。第3欄“前期認(rèn)證相符且本期申報(bào)抵扣”稅額、金額應(yīng)為0。
2.輔導(dǎo)期一般納稅人增值稅專用發(fā)票進(jìn)項(xiàng)比對
用當(dāng)月取得認(rèn)證相符且當(dāng)期稽核系統(tǒng)比對相符以及協(xié)查后允許抵扣的專用發(fā)票抵扣聯(lián)（包括機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）數(shù)據(jù)與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》第2欄“本期認(rèn)證相符且本期申報(bào)抵扣”金額、稅額進(jìn)行比對，二者的邏輯關(guān)系是前者應(yīng)大于或者等于后者。
用前期取得認(rèn)證相符且當(dāng)期稽核系統(tǒng)比對相符以及協(xié)查后允許抵扣的專用發(fā)票抵扣聯(lián)（包括機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票）數(shù)據(jù)與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》第3欄“前期認(rèn)證相符且本期申報(bào)抵扣”金額、稅額進(jìn)行比對，二者的邏輯關(guān)系是前者應(yīng)大于或者等于后者。
（2）海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書信息比對
用經(jīng)稽核比對相符的可抵扣海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書上注明的稅額合計(jì)數(shù)與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》中第5欄“海關(guān)進(jìn)口增值稅專用繳款書”的“稅額”欄數(shù)進(jìn)行比對，二者的邏輯關(guān)系是前者應(yīng)大于或者等于后者。
（3）代扣代繳稅收繳款憑證信息比對
用取得的代扣代繳稅收繳款憑證上注明的增值稅稅額合計(jì)數(shù)與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》中第7欄“代扣代繳稅收繳款憑證”的稅額進(jìn)行比對，二者的邏輯關(guān)系是前者應(yīng)大于或者等于后者。
（4）農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票稅額比對
用《農(nóng)產(chǎn)品核定扣除增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額計(jì)算表（匯總表）》的本期允許抵扣農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額合計(jì)數(shù)與《附列資料二》中第6欄“農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票”稅額數(shù)據(jù)比對。二者的邏輯關(guān)系式前者等于后者。
（5）外貿(mào)企業(yè)進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣證明比對
用本期取得的《出口貨物轉(zhuǎn)內(nèi)銷證明》上注明的進(jìn)項(xiàng)稅額匯總數(shù)與《附列資料二》第11欄“外貿(mào)企業(yè)進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣證明”的“稅額”數(shù)據(jù)比對。二者的邏輯關(guān)系是前者大于等于后者。
（6）紅字增值稅專用發(fā)票信息比對
用紅字增值稅專用發(fā)票信息表中注明的應(yīng)作轉(zhuǎn)出的進(jìn)項(xiàng)稅額與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》中第20欄“紅字專用發(fā)票信息表注明的進(jìn)項(xiàng)稅額”比對，二者的邏輯關(guān)系是前者應(yīng)等于后者。
（7）進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出額比對
《增值稅納稅申報(bào)表附列資料（二）》中第13欄到第23欄“進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出額”各欄數(shù)據(jù)應(yīng)大于等于0。
（8）免稅銷售比對
本期《增值稅減免稅申報(bào)明細(xì)表》“免稅項(xiàng)目”第1列“免征增值稅項(xiàng)目銷售額”減去“出口免稅”和“其中：跨境服務(wù)”后大于0的，應(yīng)當(dāng)比對其金三系統(tǒng)中增值稅優(yōu)惠備案信息。